l territorio di Bellano era forse già abitato in epoca romana. Nel secolo scorso furono frequenti i ritrovamenti di sepolture d’età romana. In questo periodo storico era attraversato dalla via Spluga, strada romana che collegava Milano con il passo dello Spluga.
Nel 905, ma con probabilità già da alcuni secoli, la città era di proprietà dell’Arcivescovo di Milano, che vi aveva fissata una sua residenza da cui amministrava la giustizia civile.
Passata come la Valsassina sotto il controllo dei Torriani, venne poi non senza contrasto in possesso dei Visconti dalla fine del Duecento, e dal 1370 godette del diritto di formulare i propri Statuti. La città tre-quattrocentesca rivestiva una posizione di rilievo nel Lario.
Il 1º gennaio 2020 ha incorporato il territorio del comune di Vendrogno.
A novembre 2021 entra a far parte del circuito de I borghi più belli d’Italia.